蛋白質經物理或化學方法處理后，其性質可發生改變。變性后的蛋白質較易被人體蛋白酶消化。這就是蛋白質食品在加工后更易被人消化、吸收的原理。除用酸或堿水解蛋白質外，亦有利用酶水解蛋白質，均可使之分解成氨基酸。如醬油、醬、醬豆腐、豆腐、奶酪、松花蛋等食品。若采用高溫或酒精可使細菌細胞中的蛋白質變性凝固，失去活力，以達到殺菌消毒目的。

　　此外，蛋白質的分子量極大，不能透過半透膜，利用這個性質通過透析，可對不同蛋白質進行分離和純化。同時，蛋白質含有的羧基和氨基，具有酸性和堿性，可成為人體內重要的緩沖體系，以緩解外因對機體產生的沖擊性影響。